Pengangkut ion boleh dikawal dalam pelbagai cara yang berbeza seperti pemfosforilan, perencatan atau pengaktifan alosterik, dan kepekaan terhadap kepekatan ion. Pengunaan kinase protein untuk menambah kumpulan fosfat atau fosfatase untuk menyahfosforilasi protein boleh mengubah aktiviti pengangkut.[14] Sama ada protein diaktifkan atau dihalang dengan penambahan kumpulan fosfat bergantung kepada protein tertentu. Dengan perencatan alosterik, ligan kawal atur boleh mengikat ke dalam tapak kawal atur, dan sama ada menghalang atau mengaktifkan pengangkut. Pengangkut ion juga boleh dikawal oleh kepekatan ion (tidak semestinya ion yang dipindahkan) dalam larutan. Sebagai contoh, rantai pengangkutan elektron dikawal oleh kehadiran ion H+ (pH) dalam larutan.[6]